RELATÓRIO ANUAL DE ATIVIDADES PROGEM – ANO BASE 2017
1. Nome do laboratório multiusuário: Laboratório Multiusuários de Microbiologia e Parasitologia (LMMP)
2. Coordenador: Professor Felipe Piedade Gonçalves Neves (MIP/CMB)
3. Lotação: Instituto Biomédico (CMB)
4. Site do laboratório: http://www.lmmp.sites.uff.br/ (atualizado em 20/02/2018)
5. Telefone:(21) 2629-2429
6. E-mail: ppgmpa.uff@gmail.com
7. Comitê gestor (e lotação de cada membro):
I. Felipe Piedade Gonçalves Neves (Titular) – Coordenador do Comitê Gestor;
Aloysio de Mello Figueiredo Cerqueira (Suplente).
II. Andréa Regina de Souza Baptista (Titular);
Allan Jeferson Guimarães (Suplente).
III. Adriana Pittella Sudré (Titular);
Cláudia Maria Antunes Uchoa Souto Maior (Suplente).
IV. Rafael Brandão Varella (Titular);
Tatiana Xavier de Castro (Suplente).
Lotação: Todos os membros estão lotados no Departamento de Microbiologia e Parasitologia (MIP), Instituto Biomédico (CMB).
8. Datas das reuniões do comitê gestor no período: 14/03/2017
9. Equipamentos cadastrados no PROGEM (para novos equipamentos a serem cadastrados, incluir o formulário de cadastramento):
I. Sequenciador capilar automático ABI-Prism 3130 com 4 capilares; marca Applied Biosystems.
II. Termociclador com Gradiente Veriti; marca Applied Biosystems (3 unidades).
III. PCR em Tempo Real StepOne; marca Applied Biosystems.
IV. Centrífuga Refrigerada 5804R; marca Eppendorf.
V. Nanodrop ND 2000; marca Thermo-Fisher (2 unidades).
VI. Sistema de Ultra-Filtragem de Água; marca Barnstead.
VII. Sistema de Eletroforese em Gel de Campo Pulsante (PFGE) CHEF-DRIII; marca Bio-Rad.
VIII. Sistema de Fotodocumentação com iluminação U.V.; marca Loccus.
IX. Máquina de gelo.
10. Valor solicitado ao PROGEM no período: R$ 25.847,63
11. Descrição dos serviços executados:
• Manutenção preventiva dos equipamentos:
– Sequenciador automático ABI-Prism 3130;
– PCR em Tempo Real StepOne;
– Termocicladores (2) modelo Veriti.
• Manutenção corretiva dos equipamentos:
– Sistema de ultra-filtragem de água;
– Sistema de Eletroforese em Gel de Campo Pulsante (PFGE) CHEF-DRIII
12. Outras fontes de recurso do laboratório – listar órgão(s) financiador(es), número de processo e montante: Embora tenhamos um projeto de manutenção de equipamentos multiusuários aprovado pela FAPERJ (Processo No. E-26/010.001518/2016) no valor de R$ 82.000,00 ao longo de 2 anos, o montante não tem previsão de ser liberado.
13. Estimativa de despesa anual com (detalhar manutenção de equipamentos ou consumo) do laboratório:
• Manutenção preventiva de equipamentos: R$ 35.000,00.
• Material de consumo para manutenção periódica:
– Sequenciador automático: R$ 20.000,00
(4 POP7, 1 BigDye, 1 SeqStand, 2 Buffer, 1 cx placa-96);
– PCR em Tempo Real: R$ 4.000,00
(1 SpectCal, 1 cx placa-48).
– Material de consumo descartável: R$ 1.000,00
(Ponteiras e microtubos);
TOTAL GERAL: R$ 60.000,00
14. Equipamentos com demanda de manutenção corretiva no período (com recursos do PROGEM ou de outra natureza):
– Sistema de Eletroforese em Gel de Campo Pulsante (PFGE) CHEF-DRIII: conserto do sistema de refrigeração (cooler).
– Sistema de Ultra-Filtragem de Água: troca dos filtros e borrachas retentoras.
– Sequenciador capilar automático ABI3130:
O equipamento deu problema pouco mais de um mês após o término do contrato de manutenção (firmado até junho de 2017). Portanto, o equipamento encontra-se fora de funcionamento desde agosto de 2017. Já foi feito um orçamento de manutenção corretiva no valor de R$ 13.554,99 (orçamento de agosto de 2017 em anexo).
15. Número de análises realizadas no período
(X) por equipamento ( ) por processo/sistema (listar os equipamentos envolvidos)
Equipamento Reações realizadas(n) Placas(n) Pesquisadores responsáveis(n)
I) Sequenciador capilar ABI3130 1.724 20 9
II) Termociclador Veriti (3 uni.) > 5.000 – 11
III) PCR em Tempo Real StepOne 46 – 5
VI) Sistema PFGE CHEF DRIII 3* – 3
*Equipamento ficou desativado por longo período aguardando manutenção corretiva.
Os demais equipamentos (Centrífuga, espectrofotômetro, purificador de água, máquina de gelo e sistema de fotodocumentação) são utilizados como suporte para as análises com os equipamentos listados acima.
16. Artigos publicados com dados obtidos no laboratório em 2017:
I. ELISA PUCU, PAULA CASCARDO, MARCIA CHAME, GISELE FELICE, NIÉDE GUIDON, MARIA CLEONICE VERGNE, GUADALUPE CAMPOS, DANIELA LELES. Finding the unexpected: A critical view on molecular diagnosis of infectious diseases in archaeological samples. 2017.Journal of Archaeological Science: Reports, v. 13, p. 666–668.
II. ELISA PUCU, PAULA CASCARDO, MARCIA CHAME, GISELE FELICE, NIÉDE GUIDON, MARIA CLEONICE VERGNE, GUADALUPE CAMPOS, JOSÉ ROBERTO MACHADO E SILVA, DANIELA LELES. Study of infectious diseases in archaeological bone material – A dataset. 2017. Data in Brief,v.13, p. 692–695.
III. SANTOS, B. A.; OLIVEIRA, J. S.; CARDOSO, N. T.; BARBOSA, A. V.; SUPERTI, S. V.; TEIXEIRA, L. M.; NEVES, F. P. G. Major globally disseminated clonal complexes of antimicrobial resistant enterococci associated with infections in cancer patients in Brazil. 2017.Infection Genetics and Evolution, v.55, p. 56 – 62.
IV. NEVES, F. P. G.; CARDOSO, N. T.; SNYDER, R. E.; MARLOW, M.; CARDOSO, C.A.; TEIXEIRA, L. M.; RILEY, L. W. Pneumococcal carriage among children after four years of routine 10-valent pneumococcal conjugate vaccine use in Brazil: the emergence of multidrug resistant serotype 6C. 2017. VACCINE, v.00, p.00.
V. RODRIGUES, H. G.; PINTO, T. C. A.; BARROS, R. R.; TEIXEIRA, L. M.; NEVES, F P G. Pneumococcal nasopharyngeal carriage among children in Brazil prior to the introduction of the 10-valent conjugate vaccine: a culture and PCR-based survey. 2017.Epidemiology and Infection, v.1, p.1 – 7.
VI. PINTO, TATIANA C. A.; COSTA, NATALIA S.; CASTRO, LUCIANA F. S.; RIBEIRO, RACHEL L.; BOTELHO, ANA CAROLINE N.; NEVES, FELIPE P. G.; PERALTA, JOSE MAURO; TEIXEIRA, LUCIA M. Potential of MALDI-TOF MS as an alternative approach for capsular typing Streptococcus pneumoniae isolates.2017. Scientific Reports, v.7, p.45572.
VII. ANNA C. J. DONATO; BRUNO PENNA; ANGÉLICA CONSALTER DANIELA D. CARVALHO; WALTER LILENBAUM; ANA M. R. FERREIRA. Antibiotic resistance in Staphylococcus sp. isolated from the vaginal environment of squirrel monkeys (Saimiri spp.) bred ex situ. 2017.Journal of Medical Primatology, p. 1–4.
VIII. BRUNO PENNA; CARLA D. MARASSI; HUGO LIBONATI; LOREN NARDUCHE; WALTER LILENBAUM; PASCALE BOURHY. Diagnostic accuracy of an in-house ELISA using the intermediate species Leptospira fainei as antigen for diagnosis of acute leptospirosis in dogs. 2017.Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases, v. 50,p. 13–15.
17. Monografias, dissertações e teses defendidas com dados obtidos no laboratório em 2017:
I. Monografias e TCCs:
i. Luiza dos Anjos Motta. Ocorrência de enterococos em sulco gengival e características clínico-demográficas de pacientes assistidos em uma clínica de um aglomerado subnormal em Niterói-RJ. 2017. Curso de Odontologia – Universidade Federal Fluminense;
ii. Bruna Marcela Parmanhani da Silva. Potencial de virulência de amostras de enterococos resistentes à vancomicina (VRE) e não-VRE de origem comunitária e hospitalar associadas a alimentos, colonização e infecção. 2017. Curso de Biomedicina – Universidade Federal Fluminense;
iii. Lialyz Andre. Caracterização molecular dos genes que codificam resistência aos beta-lactâmicos em cepas de Staphylococcus aureus não portadoras do gene mecA. 2017. Curso de Biomedicina – Universidade Federal Fluminense.
iv. Leandro Corrêa Simões. Caracterização da aderência in vitro de Escherichia coli Enteropatogênica atípica (aEPEC) potencialmente zoonóticas isoladas de animais no Rio de Janeiro. 2017. Curso de Biomedicina – Universidade Federal Fluminense.
v. Gillian Ferreira dos Santos Rocha. Virulência e diversidade genética de Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC) isoladas no Estado do Rio de Janeiro entre 1989 e 2014. 2017. Curso de Biomedicina – Universidade Federal Fluminense.
II. Dissertações de Mestrado:
i. Paula Cascardo. Título “Inovações Metodológicas para o estudo de parasitos da megafauna e outros animais de sítios arqueológicos e paleontológicos do Brasil. Dissertação de mestrado. Pós-graduação em Microbiologia e Parasitologia (PPGMPA), Universidade Federal Fluminense. Orientadora: Daniela Leles. Defendida e aprovada em 29 de julho de 2017.
ii. Karina Costa Coelho Gonçalves. Perfil sorológico e detecção molecular de Toxoplasma gondii em galinhas (Gallus gallus domesticus) criadas e abatidas na região do triângulo mineiro, MG, Brasil. Dissertação de mestrado. Pós-graduação em Microbiologia e Parasitologia (PPGMPA), Universidade Federal Fluminense. Orientadora: Patrícia RiddellMillar Goulart (UFF); Co-orientadora: Daniela Leles. Defendida e aprovada em 29 de maio de 2017.
iii. Jéssica da Silva de Oliveira. Elementos CRISPR e sua Associação com Resistência e Virulência em Amostras de Enterococos Resistentes (VRE) e Sensíveis (VSE) à Vancomicina. Dissertação de mestrado. Pós-graduação em Microbiologia e Parasitologia (PPGMPA), Universidade Federal Fluminense. 2017.
iv. Priscilla Gonçalves Lomardo. Prevalência de Streptococcus pneumoniae na nasofaringe, orofaringe e sulco gengival de adultos no Brasil. Dissertação de mestrado. Faculdade de Odontologia, Universidade Federal Fluminense. 2017.
v. João Paulo Bastos Moraes. Prevalência de Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (MRSA) em pacientes HIV positivos. Dissertação de mestrado.Pós-graduação em pesquisa clínica em doenças infecciosas. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas (INI/Fiocruz). 2017.
vi. Joylson de Jesus Pereira. Caracterização molecular dos genes que codifica para a RdRp e capsídeo do calicivirus felino (FCV) em gatos com complexo respiratório felino. Dissertação de mestrado. Pós-graduação em Microbiologia e Parasitologia (PPGMP), Universidade Federal Fluminense. 2017.
vii. Denise Braga Schimidt. Pressão seletiva antimicrobiana e expressão da resistência à oxacilina em Staphylococcus aureus. Dissertação de mestrado. Pós-graduação em Microbiologia e Parasitologia (PPGMP), Universidade Federal Fluminense. 2017.
viii. Larissa de Freitas Santiago Israel. Produção de biofilme por Staphyococcus chromogenes isolados de amostras de leite provenientes de rebanhos bovinos com mastite. Dissertação de mestrado. Pós-graduação em Sanidade e Produção Animal Sustentável na Amazônia Ocidental, Universidade Federal do Acre. 2017.
18. Problemas enfrentados no período:
Devido ao alto custo dos reagentes para manutenção e/ou calibração semanal e mensal dos equipamentos Genetic Analyzer 3130 (sequenciador automático) e PCR em tempo real (StepOne), esses equipamentos frequentemente ficam parados aguardando que algum pesquisador interessado use seus recursos de pesquisa na compra de reagentes para manutenção/calibração dos mesmos, aumentando os custos dos pesquisadores para a utilização dos equipamentos.
Outra questão importante e já ressaltada anteriormente é que o sequenciador automático deu problema após o término do contrato de manutenção e encontra-se desativado, trazendo prejuízo ao andamento dos projetos de pesquisa que dependem de sequenciamento.
19. Outras observações: Gostaríamos de saber se há alguma verba que possa ser utilizada de forma emergencial.
